История породы аляскинских кли каев начинается в середине 1970-х годов.
Основателем породы является Линда Спэлин (Linda S. Spurlin).
Линда Спэлин начала разводить породу в Василе, штат Аляска, после того как увидела результат случайной вязки аляскинского хаски и менее крупной собаки неизвестной породы.
Чтобы создать современную породу аляскинских кли каев, она использовала аляскинских хаски, а также добавила к ним американскую эскимосскую собаку и шипперке для уменьшения размеров породы без склонности к признакам карликовости (которые могут проявляться, если просто выбирать для скрещивания самых маленьких представителей породы).
С начала 1970-ых по 1988 гг. Линда Спэлин и ее семья тщательно отбирали собак, отвечавших их высоким стандартам в плане внешности и здоровья, чтобы создать этих новых миниатюрных хаски. Линда Спэлин разводила этих собак для себя, но в 1988 году решила, наконец, показать их более широкой публике.
В 1990 году Линда С. Спэлин, Ричард А. Спэлин и Стивен П. Кейсор зарегистрировали свою организацию «Американская ассоциация аляскинских кли каев» (АААК) в качестве некоммерческой организации в пределах страны под именем «Кли каи Аляски – Аляскинская глава».
Линда Спэлин ушла на пенсию, как президент и регистратор данной породы в январе 1995 года, после почти 25 лет усердной работы, преданности своему делу и огромному вкладу в историю этой породы.
Следующей значительной фигурой в становлении породы Аляскинский Кли Кай стала Эйлин Грегори.
В 1986 Эйлин Грегори и ее муж отправились в гости к своим дочерям на Аляску, и именно тогда они познакомились с Линдой и ее миниатюрными аляскинскими хаски, которых она разводила. В январе 1988 года Эйлин удалось приобрести у Линды своего первого миниатюрного аляскинского хаски. Вскоре после этого порода получила название «кли кай» (производное от эскимосского слова, означающего «маленькая собака»), и их также называли «кли-каями Аляски».
Эйлин начала работать с этой новой породой и стала членом первого совета директоров клуба, который в итоге стал известен, как Американская ассоциация аляскинских кли каев (AKKAOA). В совете директоров она занимала должность секретаря. Эйлин рассказывала людям о кли каях (в том числе, на мероприятиях, проходивших рядом с ее домом в Колорадо) и создала прочную линию прародителей для своих собственных клубов. Эйлин Грегори разводит и обеспечивает ценными собаками-производителями многих современных заводчиков. Когда Линда Спэлин ушла на пенсию с должности президента и регистратора породы в январе 1995 года, Эйлин Грегори (работавшая помощником секретаря и представителем Линды в континентальной части США) заняла место регистратора.
Она и по сей день продолжает активно участвовать в развитии данной породы.
По мере того, как все больше людей начали заводить и разводить аляскинских кли каев, политика начала входить в их организации. В 1995 году, по политическим соображениям, название породы разделилось на «аляскинский кли кай» и «кли кай»; однако в 2002 году порода официально объединилась под одним названием – «аляскинский кли кай».
В 2001 году также появилась вторая национальная организация – Объединенная ассоциация аляскинских кли каев (UKKAA).
Официально порода аляскинский кли кай была признана Американской ассоциацией редких пород (ARBA) в 1995 году, а Объединенным клубом собаководов (UKC) – 1 января 1997 года. С тех пор и другие регистрирующие организации также признали эту породу, среди них – Континентальный клуб собаководства (CKC), Национальный клуб собаководства, Американский реестр домашних животных (APRI) и Американский реестр собак (ACR). Эта новая порода пока не признана Американским (AKC) или Канадским клубом собаководства (CKC).
Порода аляскинский кли кай также была признана любимой породой читателей журнала «Consumer Reports» в 2008 году, а собаки этой породы не раз появлялись на страницах модных журналов за последние несколько лет.
На территории России аляскинские кли каи признаны Союзом Кинологических Организаций России (СКОР) и Всемирным Кинологическим Альянсом (Alianz Canine Worldwide).